一、大口鲇(Silurus meridionalis)核基因组DNA研究初探（论文文献综述）
罗晗娇[1]（2021）在《皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的识别和性别分子标记的开发》文中研究说明性别决定机制一直是生命科学研究的热点。贝类是海洋生物第一大门类,物种丰富、生境多样,性别决定机制复杂但研究发展滞后。皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai Ino）是我国重要的海水养殖贝类,西氏鲍（H.sieboldii Reeve）是其近缘种。本研究以其为研究对象,通过全基因组关联分析和性别二态SNPs分布识别它们的性染色体,并开发了性别分子标记。主要研究结果如下:（1）结合全基因组关联分析和性别二态SNPs的分布分析两种方法,通过定位皱纹盘鲍和西氏鲍的性别连锁区段（sex-linked genomic segment,SLS）识别了它们的性染色体。其中,皱纹盘鲍的SLS有2个区段,分别位于Chr.9（约2.59 Mb）和Chr.2（约50.02 Kb）。西氏鲍的SLS也有2个区段,分别位于Chr.4（约23.20 Mb）和Chr.5（约4.95 Mb）。染色体共线性分析结果显示,皱纹盘鲍的Chr.2和Chr.9与西氏鲍的Chr.4和Chr.5不是同源染色体。此外,在皱纹盘鲍中注释到含有性别二态SNP/In Del的基因28个,在西氏鲍中注释到189个基因,但交集仅有1个——xyn B基因（参与木聚糖降解）。（2）利用性别二态In Del和SNP开发了皱纹盘鲍与西氏鲍的性别分子标记。在皱纹盘鲍中,基于Chr.9上的2个性别二态In Del开发了两个共显性标记（MSP-2和MSP-7）,同时基于Chr.2上连续的3个性别二态SNP开发了一个显性标记（2MSP-FX1）。验证结果显示,MSP-2和2MSP-FX1的雌雄性别检出率均为100%。在西氏鲍中,基于Chr.4上的In Del和SNP,共设计7对引物,其中3对引物在验证实验中雌雄的符合率均在95%以上,但未找到与性别完全连锁的分子标记。利用皱纹盘鲍MSP-2与西氏鲍X14-FR性别分子标记检查杂交种--西盘鲍的雌雄个体。结果显示,皱纹盘鲍的性别分子标记可以适用于西盘鲍,但西氏鲍的性别分子标记不适用。（3）利用BAC-FISH识别了皱纹盘鲍的性染色体。利用生物信息学的方法将皱纹盘鲍2411条BAC末端序列比对上皱纹盘鲍的参考基因组,其中定位于皱纹盘鲍Chr.2的BAC克隆共3个,定位于Chr.9的BAC克隆共6个。根据比对和BAC区间重复序列含量统计的结果,选择克隆31-K11和37-A13进行双色BAC-FISH识别了Chr.2和Chr.9。以上结果显示,皱纹盘鲍与西氏鲍都具有两对性染色体,但性染色体和性别决定系统可能发生了种间转换,而且两种鲍的重组抑制区范围和分化程度也存在差异。本论文的研究结果为进一步研究皱纹盘鲍和西氏鲍的性别决定分子机制奠定了基础。
郑树清[2]（2020）在《基于全基因组测序的南方鲇性别连锁分子标记开发和性别决定候选基因鉴定》文中认为南方鲇（Silurus meridionalis Chen）又名大口鲇,隶属于鲇形目（Siluriformes）、鲇科（Siluridae）、鲇属（Silurus）,是一种广布于我国长江流域的重要经济鱼类,也是近年来开发的名特优养殖新品种。具有个体大、肉质好、生长快、抗病力强、经济价值高等特点。常见个体2-5 kg,最大个体达50 kg。雄鱼一般2-4年性成熟,雌鱼3-5年性成熟。南方鲇的生长速度和个体大小具有明显的性别二态性,雌鱼比雄鱼长得快,因此,水产上全雌化养殖能显着提高经济效益。但是南方鲇的基础研究相对薄弱,且缺乏基因组信息,为优良品种选育和性控育种带来了极大的困难。本研究中,我们首先通过将XY的正常个体与性逆转个体交配获得了YY超雄南方鲇,从而为研究鱼类性别决定提供了一个良好的模型。在此基础上,综合利用Illumina、Nanopore、Bionano和Hi-C等技术,测序组装获得高质量XX、XY和YY南方鲇个体全基因组序列,结合雌雄混合池的重测序,确定性别决定区间、筛选性别连锁分子标记、鉴定性别决定候选基因,为在基因组水平上解析南方鲇经济性状的遗传基础、开展全基因组选择育种和性控育种奠定基础。主要研究工作及结果如下。1、南方鲇染色体水平的基因组图谱构建。首先利用二代测序技术对南方鲇基因组大小和杂合度进行估测。测序得到的49.5 Gb高质量XX Illumina序列,经k-mer分析得出南方鲇XX个体基因组大小为712.42Mb,杂合度为0.49%,GC含量为39%。利用Nanopore三代测序平台,XX、XY和YY分别获得81.3 Gb,80.3 Gb和85.7 Gb的原始数据,质控之后分别为69.7 Gb,69.2 Gb和77.1 Gb,基因组覆盖度约为100×,测序平均读长分别为24.29 kb,24.15 kb和24.67 kb。经组装和纠错之后,获得基因组大小分别为741.2 Mb,727.2 Mb和750.0 Mb,contig N50分别为13.19 Mb,13.81 Mb和15.96 Mb。然后利用116.4 Gb XX、174.9 Gb XY的Bionano测序数据和80.6 Gb XX、80.4 Gb XY的Hi-C测序数据将XX、XY和YY的contig挂载到29条染色体上,分别获得738.9 Mb,723.9 Mb和739.1 Mb的染色体水平基因组,挂载率分别为99.5%、99.3%和98.54%,得到的scaffold N50长度分别为28.04 Mb,28.08 Mb和27.22 Mb。BUSCO评估结果分别为92.0%,90.7%和92.3%,说明具有较高的完整性。对XX基因组进行注释,得到40.12%的重复序列。整合从头注释、同源预测和转录组预测三种方法共预测到22,965个蛋白质编码基因,平均基因长度16,897 bp,平均基因编码区长度1,689 bp。其中,22,519个基因（98.06%）能在蛋白数据库中找到对应的功能注释。BUSCO评估基因完整性约93.1%。这些结果表明基因组组装和注释具有较好的完整性和准确性。2、南方鲇性染色体及性别决定区间的定位。利用XY性逆转雌鱼与XY雄鱼交配产生的后代中41条雌鱼构建雌鱼混合池,110条雄鱼构建雄鱼混合池,并对雌雄混合池进行建库和重测序,原始数据过滤和质控之后,分别获得342,503,436和270,953,302条reads共51.2 Gb和38.7 Gb的有效数据,比对到南方鲇XX参考基因组上,比对率分别为95.90%和98.96%,覆盖深度分别为58.94x和46.06x。对比对结果进行性别相关的SNP挖掘,经条件过滤后雌雄混合池分别剩余2,421,301和2,468,613个SNP标记,根据这些SNP位点进行FST的计算,最终确定了性染色体为24号染色体（chr.24）,性别决定区间位于X染色体3.74 Mb到5.91 Mb之间,Y染色体3.75 Mb到6.13 Mb之间。3、南方鲇性别连锁分子标记的开发。首先,将Illumina测序获得的XY雄鱼142,759,127条clean reads截短成60 bp长度（male k-mers-60）,通过Bowtie2比对到XX雌鱼参考基因组上,用SAMtools软件将没有比对到参考基因组的21,024,303条reads提取出来,并通过De novo组装软件Iterative De Bruijn Graph Assembler（IDBA）进行从头组装,得到8954个contig,然后将雌鱼混合池的172,602,041条clean reads比对到这些contig上,从比对结果中进一步过滤掉被雌鱼混合池中的reads比对上的contig,最终得到38条Y染色体特异的contig。对这些contig进行定位,并根据两侧是否存在雌雄一致序列来设计引物,分别对南方鲇养殖群体和野生群体进行PCR扩增,最终筛选出8个与性别连锁的分子标记,其中,前7个分子标记为雄性特异,而marker-8为共显性分子标记,可同时区分XX、XY和YY个体。从对南方鲇不同群体的遗传性别鉴定的结果来看,这些分子标记适用性良好,鉴定结果准确可靠。基因组比对分析发现,8个分子标记全部位于chr.24上,且均落在性别决定区间内部,从而印证了chr.24为南方鲇的性染色体。基于筛选到的这些分子标记,我们构建了南方鲇分子标记辅助生产XX全雌和YY超雄鱼的方法。4、南方鲇性别决定候选基因的鉴定。通过X和Y染色体的比对,发现在性别决定区间存在一段Y特异的序列,经过注释,发现这段序列含有一个amhr2的复制基因,命名为amhr2y。两者序列上存在一定的差异,核苷酸序列一致性为81%,编码的氨基酸序列一致性为70%。通过对南方鲇各组织及不同时期性腺转录组分析,发现amhr2y只在精巢特异表达。荧光原位杂交显示amhr2y在南方鲇5、10、30和120天的精巢体细胞和生殖细胞中均有表达。这些结果表明amhr2y可能是南方鲇的性别决定候选基因。综上所述,本研究综合利用二代和三代测序技术,测序组装获得高质量南方鲇染色体水平基因组,并完成了基因组注释。结合雌雄混合池的重测序,成功定位了南方鲇性染色体及性别决定区间;筛选到8个性别连锁分子标记并建立了分子标记辅助育种技术生产南方鲇单性鱼苗;鉴定了性别决定候选基因amhr2y。本研究结果为开展南方鲇经济性状的遗传解析、性别决定的分子机制研究和性控育种等奠定了基础。
连总强,滚双宝,李力,张锋,肖伟,吴旭东[3]（2017）在《基于第二代测序技术兰州鲇线粒体基因组全序列测定与分析》文中研究说明研究采用高通量第二代测序技术,构建获得兰州鲇（Silurus lanzhouensis）线粒体基因组全序列,并对全序列特征和结构进行了分析。研究结果表明,兰州鲇线粒体基因组全序列长度为16523 bp,碱基组成具有高A+T低G+C含量的偏向性,具有脊椎动物典型的结构组成。13个PCG基因中存在2种启动子（ATG、GTG）、3种终止子（TAG、TAA和T或TA）。除t RNA-SerAGN基因二级结构中DHU臂缺失,其余21个t RNA基因可折叠成典型三叶草结构。12S rRNA二级结构由45个茎环结构组成4个结构域,16S rRNA由54个茎环结构组成6个结构域。含有关键序列标签的控制区（CR）可分为3个不同的结构域:终止序列区（TAS1、TAS2）、中央保守区（CSB-F、CSB-E和CSB-D）和保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3）。非编码区含有一段保守的控制轻链复制起始的序列区（OL）。基于线粒体基因组全序列和通用标签COX1基因标记可区分兰州鲇同其他鲇形目鱼类种质进化关系。
杨忠礼,连总强,吴旭东,俞兆曦,王燕,肖伟,赛清云[4]（2016）在《兰州鲇G-SSR和EST-SSR在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性研究》文中研究指明为研究兰州鲇G-SSR和EST-SSR在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性,以12种不同鱼类为试验材料,分别采用改进的酚-氯仿法结合DNA产物纯化试剂盒法、传统酚-氯仿法、试剂盒法提取其尾鳍基因组DNA,对提取的DNA进行琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计检测。结果表明,改进的酚-氯仿法结合DNA产物纯化试剂盒法提取的鱼类基因组DNA在纯度和稳定性方面明显优于传统酚-氯仿法、试剂盒法,且电泳条带清晰、整齐、明亮,操作简单,耗时短,便于快速、批量提取。利用兰州鲇14对G-SSR引物和21对EST-SSR引物在12种鱼类中进行跨目通用性分析,结果显示,兰州鲇G-SSR和EST-SSR在鲇形目、鲤形目鱼类的通用率分别为63.10%、32.14%和61.11%、44.44%,表明随着物种间亲缘关系变远,其通用性随之降低。
杨忠礼[5]（2016）在《兰州鲇EST-SSR分子标记的开发及其在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性研究》文中指出兰州鲇（Silurus lanzhouensis）,俗称黄河鲇,主要分布于黄河中上游,是一种大型土着鱼类。近年由于过度捕捞、水域环境恶化等因素,兰州鲇野生种群数量急剧下降,使其成为各界关注的濒危物种。兰州鲇现已成功实现人工养殖,这为其种质资源保护利用奠定了基础。兰州鲇营养价值很高,具有广阔的养殖前景。EST-SSR是一种兼具直接标记功能基因,并在近缘物种中有很高通用性的分子标记。因此,开发有效的EST-SSR标记并研究其通用性,对兰州鲇种质资源保护、物种进化和遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、经济形状QTL定位和分子标记辅助育种等具有重要意义。本试验主要包括两个部分:1.利用磁珠富集法开发兰州鲇EST-SSR分子标记;2.兰州鲇基因组SSR和EST-SSR在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性研究;以下是本实验的主要内容:（1）采用磁珠富集法分离兰州鲇的EST-SSR分子标记。将兰州鲇脑组织的mRNA反转录成双链cDNA,补平末端,连接平端接头,用生物素标记的简单重复序列（AC）12、（AG）12、（CAG）8和（GATA）6作为探针与其杂交,捕获到含有微卫星的目的cDNA片段链接到pMD19-T载体并转化至E.coli DH5α感受态细胞,构建富集微卫星的cDNA文库。利用通用引物M13和探针作为双引物PCR检测,筛选出阳性克隆测序。从972个转化子中获得385个阳性克隆,测序获得294个EST-SSR序列,GenBank登录号:JZ845089-JZ845194;JZ845699-JZ845789;JZ905271-JZ905367,其中完美型143个（48.64%）,非完美型80个（27.21%）,混合型71个（25.15%）。微卫星的富集效率30.25%,双引物PCR筛选效率76.36%。此外,还获得55个不含SSR的EST序列,GenBank登录号:JZ845074-JZ845088;JZ892812-JZ892840;JZ905368-JZ905378。在线BLAST发现23个EST序列与已知基因具有一定的同源性,可为兰州鲇相关基因的表达和克隆提供基础资料。结果表明磁珠富集法同样适用于转录组微卫星（EST-SSR）开发,与传统的EST-SSR开发方法相比具有通用性好、针对性强、效率高等优点。（2）根据侧翼序列设计出136对引物,选取55对进行扩增检验,有23对引物可扩增出目的条带,用PAGE-银染法在30个兰州鲇个体间进一步检测,发现8个EST-SSR位点具有多态性,每个位点25个等位基因（平均3.00）,期望杂合度（He）0.15540.7206（平均0.4316）,多态信息含量（PIC）0.14110.6458（平均0.3666）。这些标记可为兰州鲇遗传多样性评估、种质资源保护、遗传图谱构建和分子标记辅助育种奠定基础。（3）利用兰州鲇14对G-SSR引物和23对EST-SSR引物在12种鱼类中进行跨目通用性分析,结果显示兰州鲇G-SSR、EST-SSR在鲇形目和鲤形目鱼类的通用率分别为63.10%、32.14%和61.11%、44.44%,表明兰州鲇基因组SSR和EST-SSR在近缘物种中均有很高的通用性,但随着亲缘关系变远,其通用性随之降低。兰州鲇基因组SSR和EST-SSR在12种鱼类的总通用性分别为47.62%和51.81%,表明EST-SSR的通用性略高于基因组SSR。
王发新[6]（2016）在《兰州鲇GH和MSTN基因多态性及生长相关性研究》文中进行了进一步梳理本研究选取同一家系同一混养池100条兰州鲇为实验材料,对2个生长相关的候选基因生长激素（GH）基因和肌肉生长抑制素（MSTN）基因进行研究,采用测序和单链构象多态（SSCP）的分析方法,对兰州鲇GH和MSTN基因的SNPs检测和多态性分析,筛选与兰州鲇生长性状相关的分子标记位点,为兰州鲇的种质资源保护以及良种选育提供理论依据。GH基因:本研究利用长片段PCR及T-A克隆技术,首次从兰州鲇（Silurus lanzhouensis）DNA中克隆得到兰州鲇GH基因全序列,提交至Genbank获得登录号KM215221,同时,使用DNAstar等生物信息学软件进行序列分析研究。兰州鲇GH基因全序列长为2067 bp,包含5个外显子和4个内含子,其完整编码区序列（Complete coding sequence,CDS）长为603 bp。编码区编码1条由200个氨基酸残基组成的蛋白质。第1、2、3、4、5外显子大小分别为10、140、117、132和204 bp;第1、2、3、4内含子大小分别为229,103,565和103bp;外显子和内含子之间遵循碱基GT-AG规则。通过对兰州鲇GH基因的全序列进行了分段扩增、SSCP筛查以及测序,结果表明该基因第1、2、4、5外显子和第3、4内含子序列都相当保守,仅在第3外显子中发现1处SNPs。利用SAS软件对兰州鲇同一家系中不同基因型个体的生长性状数值（体重、体长、体高和头长）进行最小二乘法线性模型分析。研究发现:在其第3外显子中发现突变位点,100bp处G/A,该突变对兰州鲇的体重和体长有显着影响（P<0.05）。共发现3种基因型,其中AA基因型个体的体重和体长极显着高于BB基因型个体（P<0.01）,AB基因型个体体重显着高于BB型个体;该突变对体高和头长无显着影响。MSTN基因:本研究利用兰州鲇近缘物种MSTN基因序列设计引物,对兰州鲇MSTN基因3个外显子进行SNPs分析,结果发现第1外显子位点存在360bp处A/G突变。通过分析MSTN基因不同基因型对体重、体长体高和头长等生长性状的影响,结果表明该突变对体重有显着影响,对体长、体高和头长无显着影响。3种基因型中CC基因型个体和CD基因型个体的体重显着高于DD基因型个体（P<0.05）。本研究在对兰州鲇GH和MSTN基因的SNPs筛查中共发现2个多态性标记,通过分析其与兰州鲇生长相关性状的关系,结果显示:GH和MSTN基因都可能是影响兰州鲇的生长发育调控的主效基因。其中,筛选出GH基因第3外显子G/A突变和MSTN基因第1外显子A/G突变可作为兰州鲇生长性状选育的分子标记,能够为兰州鲇种质资源的保护和良种选育提供理论依据。
李艳洁[7]（2016）在《河南省黄颡鱼和鲇自然居群遗传多样性分析》文中研究指明遗传多样性是指种群内不同群体或同一群体内不同个体的遗传变异的总和,是保护生物学研究的核心之一。ISSR分子标记技术可以快速、高效和灵敏地检测出基因组DNA的多态性,是研究遗传多样性的较好方法之一。本文以河南省境内黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）和鲇（Silurus asotus）的自然居群为研究对象,标本分别采于淇河、信阳南湾水库和丹江口水库,利用ISSR分子标记技术对其遗传多样性和遗传结构进行分析,旨在为其资源保护与开发利用提供理论依据和数据参考。用4种方法对保存于95%乙醇的黄颡鱼和鲇的肌肉组织样本进行预处理,比较其基因组DNA的提取效果。结果表明,用STE缓冲液预处理的样品,基因组DNA条带清晰、整齐,无降解现象,A260/A280值正常,在1.82.0之间,DNA完整性较好,是提取乙醇保存的肌肉组织DNA前较为理想的预处理方法。利用文献法,参考同种和近缘物种,初选引物,再通过实验筛选,最后确定ISSR标记用于分析黄颡鱼和鲇遗传多样性的共用引物15个。利用正交设计,优化了黄颡鱼和鲇的ISSR-PCR反应体系,即25μL最佳的反应体系为:模板DNA量45ng,Mg2+浓度1.5mmol/L,dNTPs浓度0.4mmol/L,引物浓度0.4μmol/L,TaqDNA聚合酶0.5U。其PCR最佳扩增程序为:预变性95℃5min;变性94℃30s,复性4560℃40s,延伸72℃90s,终延伸72℃5min,最佳循环40次。15个ISSR引物在3个黄颡鱼自然居群中共扩增出128个位点,多态性条带数为54条,多态位点比例42.19%;3个居群的遗传多样性参数分别是:多态位点比例（PPB）为28.91%、27.34%和28.91%,观测等位基因数（Na）为1.2891、1.2734和1.2891,有效等位基因数（Ne）为1.1795、1.1758和1.1985,Nei’s基因多样度（h）为0.1032、0.1022和0.1130,Shannon’s信息指数（I）为0.1536、0.1515和0.1657。以上数据表明,3个黄颡鱼自然居群的遗传多样性保持在较高水平,其遗传多样性水平依次为:丹江口水库居群>淇河居群>信阳南湾水库居群。基于Nei’s基因多样指数,利用POPGENE计算得到总居群遗传分化系数Gst为0.3510,说明总居群分化程度极高。基于Shannon’s信息指数分析3个居群的遗传变异,居群间的变异为34.03%,居群内变异为65.97%,说明居群内和居群间都发生了较大的遗传变异,但更多变异的变异发生在居群内。总居群基因流Nm为0.9247,基因流水平较低,说明河南省黄颡鱼3个居群间遗传分化程度高,这可能是由遗传漂变导致,也可能是自然选择的作用超过了基因交流,从而发生了较大的遗传分化。3个鲇自然居群共扩增出130个位点,多态位点59个,多态位点比例45.38%。各居群的多态位点比例（PPB）分别是39.23%、40.00%和34.62%,Na值为1.3923、1.4000、1.3462,Ne值为1.3232、1.3034、1.2667,Nei’s基因多样度（h）为0.1742、0.1669、0.1465,Shannon’s信息指数（I）为0.2487、0.2411、0.2112。3个鲇自然居群的遗传多样性水平较高,其中,南湾水库居群>淇河居群>丹江口水库居群。以Nei’s基因多样度为基础,根据POPGENE软件得到遗传变异分析结果,总居群的遗传分化系数Gst为0.1820,说明总居群分化程度较高。基于Shannon’s信息指数分析3个居群的遗传变异,82.73%存在于居群内,仅17.27%存在于居群间,遗传变异主要发生在居群内。总居群基因流Nm为2.2470,基因流水平高,说明3个鲇居群间的遗传分化程度较小。这可能是居群间基因流产生的融合作用,也可能是选择压力相同造成的。
谢蜜蜜[8]（2016）在《基于RAD-seq技术的南方鲇高密度遗传连锁图谱构建》文中进行了进一步梳理南方鲇（Silurus meridionalis）又称大口鲇,隶属于鲇形目（Siluriformes）、鲇科（Siluridae）,是我国特有的一种重要经济鱼类。目前关于南方鲇的研究大多集中在繁殖生物学、比较解剖学、生理生态学等方面,而遗传学方面的研究却相对较少,更没有其遗传连锁图谱的相关报道。本研究借助RAD-seq技术,开发了大量的SNP标记并构建了南方鲇高密度遗传连锁图谱,这将为南方鲇数量性状定位、比较基因组、经济性状相关遗传机制的解析、分子标记辅助选育等研究提供有力工具;同时也为进一步从基因组水平上解析鲇形目鱼类生长、发育、繁殖、系统进化、环境适应机制等生物学问题提供重要基础数据。主要研究内容如下:1、本研究以两尾野生南方鲇作为亲本,以其繁殖的100尾子代个体（F1代）作为作图群体,对总共102个个体（父母本各一尾,100尾F1代个体）进行RAD测序。选取EcoRI限制性内切酶对作图群体基因组进行酶切,然后再构建RAD文库及高通量测序,以此来大批量的筛选SNP标记。本研究根据亲本的RAD数据总共筛选出了77,634个高质量的多态SNP位点,其中42,447个SNP来自于碱基间的转换（A/G、C/T）,35,187个SNP来自于碱基间的颠换（A/C、A/T、C/G及G/T）,其比值为1.2,且A/G的数量最为丰富（27.50%）,C/G的数量最少（6.16%）。我们从中随机挑选出22个SNP位点,并在这些位点的两翼进行引物设计,PCR扩增后的产物经Sanger测序来进行基因分型的验证。验证结果显示:所选的22个位点中,有16个位点被成功的验证为SNP位点,验证率为73%,且这16个位点均在2个亲本中被成功验证。所有的亲本的基因型均成功被Sanger测序验证,说明在本研究中所使用的识别SNP位点的生物信息分析过滤标准较好,能过滤掉大部分假阳性位点。2、本研究利用RAD测序技术最终筛选出26,714个SNP标记（其中有效位点为6,715个）构建了一张含29个连锁群的南方鲇高密度遗传连锁图谱。该图谱的总图距为5,918.31 cM,标记间平均图距为0.89 cM;各个连锁群的大小从62.59 cM（LG29）到445.84 cM（LG4）不等,平均每个连锁群的大小为204.08 cM;标记间最大的间距为49.27 cM（LG6）,最小的间距为0.01 cM;各个连锁群标记间的平均距离的变化范围为:0.441.77 cM;LG24的标记密度是最高的,它含有235个标记。通过计算得到南方鲇遗传连锁图谱预期长度（Ge）为5969.02cM;图谱覆盖度为99.15%。该遗传图谱为进一步解析鲇形目鱼类生长、发育、繁殖、系统进化、环境适应机制等生物学问题提供了重要基础数据。3、以标记间距离>0.3 cM为过滤条件,从作图的26,714个SNP标记中筛选出3772个标记,并把这些标记的基因分型文件作为JoinMap 4.0的输入文件再次对南方鲇的遗传图谱进行构建,来验证之前用Lep-Map所构遗传图谱的正确性。我们得到:1)在使用相同标记的情况下,两种方法构建的遗传图谱划分的连锁群数目相同（n=29）;2)所有连锁群上的标记在两种遗传图谱中连锁群上的分布都是一一对应的,但是在对应连锁群上标记的位置变化较大;3)这两种图谱的图距存在着较大的差异,这可能是由于我们在使用JoinMap 4.0作图时,只挑选了Lep-Map构建的遗传图谱中的部分标记的原因。综上所述,尽管Lep-Map构建的南方鲇遗传图谱与JoinMap 4.0构建的南方鲇遗传图谱在某些方面存在不同,但是总的来说它们之间有许多相互印证的地方。因此,我们认为本研究所构建的南方鲇遗传图谱是可信的。
黄伟德,黄艳华,梁静真,龙苏,牛志伟,范华龙,黄钧,曾桂忠[9]（2015）在《南方大口鲶烂尾病病原菌的分离鉴定及药敏试验》文中研究指明【目的】查明广西南宁邕江上游网箱养殖南方大口鲶烂尾病病原及其对药物的敏感性,为该病的有效防治提供参考。【方法】以常规方法进行病原菌分离与纯化,通过API 20E细菌鉴定系统和16S r RNA基因PCR扩增进行病原菌鉴定,并以K-B纸片扩散法进行药敏试验。【结果】从患病南方大口鲶病料中分离获得1株优势菌株（DKN01）,经鉴定为阪崎克罗诺杆菌（Cronobacter sakazakii）,与阪崎克罗诺杆菌标准菌株NBRC 102416和ATCC 29544的亲缘关系最近,同源性均达99.5%。菌株DKN01对南方大口鲶的致死率为70.0%95.0%,对复达欣、菌必治、舒普深、多粘菌素B、左氟沙星、先锋必、特治星、盐酸沙拉沙星等8种药物高度敏感,对青霉素G、复方新诺明、新生霉素、多西环素、氟苯尼考、磺胺间甲氧嘧啶、磺胺对甲氧嘧啶等7种药物则不敏感。【结论】引起广西南宁邕江上游网箱养殖南方大口鲶烂尾病的病原菌为阪崎克罗诺杆菌,生产中可选用复达欣、菌必治、舒普深、多粘菌素B、左氟沙星、先锋必、特治星和盐酸沙拉沙星等药物进行防治。
吴旭东,肖伟,连总强,侯玉霞[10]（2014）在《兰州鲇线粒体Cytb基因的克隆与序列分析》文中提出为克隆兰州鲇（Silurus lanzhouensis）线粒体Cytb基因全序列,根据欧洲鲇（Silurus glanis）线粒体基因全序列设计特异引物进行兰州鲇线粒体Cytb基因的PCR扩增,得到1138 bp兰州鲇线粒体Cytb基因序列。对兰州鲇和其他13种鱼的线粒体Cytb基因核苷酸和氨基酸序列之间进行同源性比较,结果显示具有较高的同源性,核苷酸同源性介于61.38%—91.12%,氨基酸同源性介于76.62%—95.52%。对兰州鲇、欧洲鲇、大口鲇（Silurus meridionalis）、鲇（Silurus asotus）、越南鲇（Silurus cochinchinensis）的Cytb基因之间进行碱基替代分析,结果显示兰州鲇Cytb基因与鲇之间替换率最低,值为8.87%,转换/颠换值为3.21;与越南鲇之间替换率最高,值为14.41%,转换/颠换值为1.83。对本文克隆的兰州鲇Cytb基因与王庆容等测定的兰州鲇线粒体Cytb序列进行序列差异分析,结果显示两者之间替换率为11.16%,存在127个变异位点,转换/颠换比为4.08,遗传距离为0.1230。由NJ法基于兰州鲇和其他13种鱼的Cytb基因序列构建的系统进化树,结果显示与传统的分类地位基本吻合。
二、大口鲇(Silurus meridionalis)核基因组DNA研究初探（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、大口鲇(Silurus meridionalis)核基因组DNA研究初探（论文提纲范文）
（1）皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的识别和性别分子标记的开发（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 性染色体的识别与进化研究概况 |
| 1.1.1 性染色体的识别 |
| 1.1.2 性染色体起源与进化理论发展 |
| 1.1.3 性染色体转换的现象与理论 |
| 1.2 性别分子标记 |
| 1.3 贝类性别决定研究概况 |
| 1.3.1 贝类性别决定的特征 |
| 1.3.2 贝类性别决定的遗传基础研究概况 |
| 1.4 皱纹盘鲍与西氏鲍研究概况 |
| 1.5 本文的研究目的与技术路线 |
| 第2章 皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的识别 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 基因组DNA的提取 |
| 2.1.3 文库构建与重测序 |
| 2.1.4 数据质控与序列比对 |
| 2.1.5 变异检测与过滤 |
| 2.1.6 性别连锁区段的定位 |
| 2.1.7 性染色体的重测序深度统计 |
| 2.1.8 共线性分析 |
| 2.1.9 含有性别二态SNP/In Del的基因注释 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 皱纹盘鲍性染色体的识别 |
| 2.2.2 西氏鲍性染色体的识别 |
| 2.2.3 皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的重测序深度统计 |
| 2.2.4 皱纹盘鲍与西氏鲍基因组的共线性分析 |
| 2.2.5 性别二态SNP/In Del的基因注释 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 皱纹盘鲍与西氏鲍性别分子标记的开发 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 基因组DNA的提取 |
| 3.1.3 皱纹盘鲍Chr.9 上性别分子标记的开发与验证 |
| 3.1.4 皱纹盘鲍Chr.2 上性别分子标记的开发与验证 |
| 3.1.5 西氏鲍Chr.4 上性别分子标记的开发与验证 |
| 3.1.6 皱纹盘鲍与西氏鲍性别分子标记在西盘鲍上的应用 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 皱纹盘鲍Chr.9 上性别分子标记的开发与验证 |
| 3.2.2 皱纹盘鲍Chr.2 上性别分子标记的开发与验证 |
| 3.2.3 西氏鲍Chr.4 上性别分子标记的开发与验证 |
| 3.2.4 皱纹盘鲍与西氏鲍性别分子标记在西盘鲍上的初步应用 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 BAC-FISH识别皱纹盘鲍的性染色体 |
| 4.1 实验材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 皱纹盘鲍染色体的制备 |
| 4.1.3 皱纹盘鲍性染色体特异BAC克隆的筛选 |
| 4.1.4 候选BAC克隆的PCR检验和质粒DNA提取 |
| 4.1.5 性染色体特异BAC克隆的FISH定位 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 BAC克隆的基因组比对与重复序列含量计算 |
| 4.2.2 性染色体特异BAC克隆的FISH定位 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 结论 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在校期间发表的学术论文 |
（2）基于全基因组测序的南方鲇性别连锁分子标记开发和性别决定候选基因鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstracts |
| 第1章 文献综述 |
| 1 南方鲇的生物学特性及研究概况 |
| 1.1 南方鲇生物学特性 |
| 1.2 南方鲇生物学研究概况 |
| 2 鱼类性别决定研究进展 |
| 2.1 鱼类性染色体与性别决定 |
| 2.2 鱼类性别决定基因研究进展 |
| 3 鱼类性别连锁分子标记的开发及应用 |
| 3.1 微卫星分子标记 |
| 3.2 随机扩增多态性DNA分子标记 |
| 3.3 扩增片段长度多态性分子标记 |
| 3.4 单核苷酸多态性及插入缺失分子标记 |
| 3.5 基于高通量测序的分子标记开发 |
| 4 DNA测序组装技术及其在鱼类中的应用 |
| 4.1 DNA测序技术的发展概况 |
| 4.2 辅助基因组组装技术的发展概况 |
| 4.3 鱼类全基因组测序 |
| 4.4 鱼类基因组重测序 |
| 5 科学问题的提出及本研究的目的意义(含技术路线) |
| 第2章 南方鲇全基因组测序组装、注释及分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 基因组测序结果统计 |
| 3.2 基于k-mer的基因组大小评估 |
| 3.3 基因组组装与质量评估 |
| 3.4 转录组测序数据统计 |
| 3.5 基因组注释结果 |
| 3.6 比较基因组学分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 南方鲇基因组测序组装策略 |
| 4.2 南方鲇基因组特征 |
| 第3章 南方鲇性染色体及性别决定区间的定位 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 基因组DNA质量检测 |
| 3.2 原始数据过滤及质量控制 |
| 3.3 有效数据比对到参考基因组 |
| 3.4 SNP检测结果 |
| 3.5 SNP定位性染色体及性别决定区间 |
| 3.6 性别决定区间基因分布 |
| 4 讨论 |
| 4.1 雌雄混合池重测序确定性别决定区间的策略 |
| 4.2 南方鲇性染色体与性别决定区间 |
| 第4章 南方鲇性别连锁分子标记的开发 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 试剂和药品 |
| 2.3 仪器设备 |
| 2.4 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 表型性别鉴定 |
| 3.2 基因组DNA质量检测 |
| 3.3 性别连锁分子标记的筛选 |
| 3.4 性别特异引物的设计 |
| 3.5 养殖群体和野生群体的遗传性别鉴定 |
| 3.6 分子标记在染色体上的分布及与性别决定区间的关系 |
| 3.7 分子标记辅助育种 |
| 4 讨论 |
| 4.1 南方鲇性别连锁分子标记的开发 |
| 4.2 南方鲇性别连锁分子标记与性别决定区间的关系 |
| 4.3 南方鲇分子标记辅助育种技术的建立 |
| 第5章 南方鲇性别决定候选基因的鉴定 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 试剂和药品 |
| 2.3 仪器设备 |
| 2.4 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 性别决定区间X与Y染色体的序列差异 |
| 3.2 性别决定候选基因定位 |
| 3.3 性别决定候选基因生物信息学分析 |
| 3.4 性别决定候选基因的表达分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 YY个体的获得对鉴定性别决定候选基因的重要性 |
| 4.2 南方鲇性别决定候选基因的定位 |
| 4.3 南方鲇性别决定候选基因的表达模式 |
| 4.4 南方鲇性别决定的可能机制 |
| 4.5 鱼类性别决定基因的鉴定及其意义 |
| 结论 |
| 本研究的主要创新点 |
| 本研究的不足与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表论文 |
| 在读期间申请专利 |
| 在读期间参加科研情况 |
（4）兰州鲇G-SSR和EST-SSR在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性研究（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 基因组DNA提取 |
| 1.3 DNA提取结果检测 |
| 1.4 兰州鲇G-SSR和EST-SSR通用性检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因组DNA质量检测 |
| 2.2 兰州鲇G-SSR和EST-SSR通用性 |
| 2.2.1 兰州鲇G-SSR和EST-SSR在12种鱼类中的扩增结果 |
| 2.2.2 G-SSR和EST-SSR扩增图谱分析 |
| 3 结论与讨论 |
（5）兰州鲇EST-SSR分子标记的开发及其在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 第一章 文献综述 |
| 1 兰州鲇研究现状 |
| 2 DNA分子标记种类及特点 |
| 2.1 限制性片段长度多态性标记(RFLP) |
| 2.2 随机扩增多态性DNA标记(RAPD) |
| 2.3 扩增片段长度多态性标记(AFLP) |
| 2.4 线粒体DNA(mtDNA)多态性 |
| 2.5 微卫星标记(SSR) |
| 2.5.1 微卫星类型 |
| 2.5.2 微卫星基因分型方法 |
| 2.6 简单序列重复区间(ISSR) |
| 2.7 单核甘酸多态性(SNP) |
| 3 EST-SSR分子标记开发策略 |
| 3.1 EST-SSR的主要特点 |
| 3.2 EST-SSR分子标记开发的方法 |
| 3.2.1 依据dbEST数据库开发 |
| 3.2.2 借用近缘物种EST-SSR |
| 3.2.3 基于转录组高通量测序法 |
| 3.3 EST-SSR标记的应用 |
| 5 本研究的目的和意义 |
| 6 本研究技术路线 |
| 6.1 磁珠富集法筛选EST-SSR示意图 |
| 6.2 本研究整体技术路线 |
| 第二章 兰州鲇EST-SSR分子标记开发 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 主要试剂及材料 |
| 1.4 溶液、试剂配制 |
| 1.4.1 RNA提取相关试剂配制 |
| 1.4.2 琼脂糖凝胶电泳试剂配制 |
| 1.4.3 双链cDNA合成相关试剂 |
| 1.4.4 探针与磁珠杂交、洗脱相关试剂配制 |
| 1.4.5 TA克隆相关试剂配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 兰州鲇脑组织总RNA提取 |
| 2.2 RNA完整性、浓度和纯度检测 |
| 2.2.1 1.2%琼脂糖凝胶检测 |
| 2.2.2 微量分光光度计检测 |
| 2.3 双链cDNA合成 |
| 2.3.1 c DNA第一条链的合成 |
| 2.3.2 c DNA第二条链的合成 |
| 2.3.3 双链cDNA纯化 |
| 2.4 微卫星接头序列制备 |
| 2.5 微卫星接头与平末端双链cDNA连接 |
| 2.6 cDNA PCR预扩增 |
| 2.7 生物素探针杂交 |
| 2.8 目的片段磁珠富集 |
| 2.8.1 链霉亲和素磁珠预处理 |
| 2.8.2 磁珠富集 |
| 2.8.3 磁珠洗脱 |
| 2.9 双链目的片段合成及特定大小双链cDNA获取 |
| 2.9.1 单链cDNA扩增 |
| 2.9.2 特定大小双链cDNA获取 |
| 2.10 EST-SSR富集文库构建与测序 |
| 2.10.1 连接与转化 |
| 2.10.2 阳性克隆筛选与测序 |
| 2.10.3 序列分析与数据统计 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 脑组织总RNA的提取和双链cDNA的合成 |
| 3.2 单链cDNA的PCR扩增 |
| 3.3 双引物菌液PCR筛选阳性克隆 |
| 3.4 EST-SSR富集文库的鉴定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 磁珠富集法开发兰州鲇EST-SSR分子标记 |
| 4.2 影响磁珠富集法筛选微卫星标记效率的因素 |
| 4.3 兰州鲇EST-SSR标记的类型及特征分析 |
| 第三章 兰州鲇多态性EST-SSR分子标记筛选 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 试验样本采集 |
| 1.2 主要实验设备 |
| 1.3 主要试剂及材料 |
| 1.4 溶液试剂配制 |
| 1.4.1 DNA提取试剂配制 |
| 1.4.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳试剂配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 兰州鲇基因组DNA提取 |
| 2.2 DNA提取结果检测 |
| 2.3 EST-SSR引物设计及PCR扩增 |
| 2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳筛具有多态性的EST-SSR |
| 2.4.1 PCR扩增 |
| 2.4.2 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.5 数据统计 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 兰州鲇基因组DNA提取 |
| 3.2 兰州鲇EST-SSR分子标记PCR结果 |
| 3.3 兰州鲇具有多态性EST-SSR引物筛选 |
| 3.4 兰州鲇EST-SSR的群体遗传多样性分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 酚-氯仿法结合DNA纯化试剂盒提取DNA |
| 4.3 兰州鲇EST-SSR标记的多态性分析 |
| 第四章 兰州鲇G-SSR和EST-SSR在鲇形目和鲤形目鱼类的通用性研究 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 试验样本采集 |
| 1.2 主要实验设备 |
| 1.3 主要试剂及材料 |
| 1.4 微卫星引物 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 12种不同鱼类基因组DNA提取 |
| 2.2 兰州鲇G-SSR和EST-SSR通用性检测 |
| 2.3 数据统计 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 12种不同鱼类基因组DNA提取 |
| 3.2 兰州鲇G-SSR和EST-SSR通用性 |
| 3.2.1 兰州鲇G-SSR和EST-SSR在12种鱼类的扩增结果 |
| 3.2.2 G-SSR和EST-SSR扩增图谱分析 |
| 4 讨论 |
| 第五章 结论、试验不足与展望 |
| 一、全文结论 |
| 二、试验不足与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（6）兰州鲇GH和MSTN基因多态性及生长相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 第一章 文献综述 |
| 1 兰州鲇简介以及相关的研究 |
| 1.1 鲇科鱼类的起源 |
| 1.2 兰州鲇简介 |
| 1.3 兰州鲇的相关研究 |
| 2 鱼类育种的研究现状及发展 |
| 2.1 常规育种技术 |
| 2.2 性别控制技术 |
| 2.3 多倍体育种技术 |
| 2.4 分子育种技术 |
| 2.5 转基因技术 |
| 3 生长性状相关的两个候选基因 |
| 3.1 GH基因 |
| 3.1.1 GH基因的结构 |
| 3.1.2 GH基因的释放与转运 |
| 3.1.3 生长激素的生物学功能 |
| 3.1.3.1 对三大类营养物质的代谢的影响 |
| 3.1.3.2 对泌乳的影响 |
| 3.1.3.3 对生殖的影响 |
| 3.2 MSTN基因 |
| 3.2.1 MSTN基因的结构 |
| 3.2.2 MSTN基因的表达 |
| 3.2.3 作用机理 |
| 3.2.4 研究MSTN基因的意义 |
| 3.2.5 MSTN研究进展 |
| 第二章 试验研究 |
| 试验一 兰州鲇GH基因的克隆及序列分析 |
| 1 试验动物及数据采集 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2 生长数据采集及方法 |
| 2 主要仪器、试剂及配制方法 |
| 2.1 主要仪器 |
| 2.2 主要试剂 |
| 2.3 试剂配制 |
| 2.4 电泳的相关试剂 |
| 2.5 转化所用的相关试剂 |
| 3 实验方法及步骤 |
| 3.1 DNA的提取 |
| 3.2 DNA质量和浓度的检测 |
| 3.3 PCR反应体系 |
| 3.3.1 PCR反应体系 |
| 3.3.2 PCR反应程序 |
| 3.3.3 PCR扩增产物检测 |
| 3.4 PCR产物的回收及克隆测序 |
| 3.4.1 感受态细胞的制备(氯化钙法) |
| 3.4.2 转化反应 |
| 3.5 序列分析 |
| 4 结果分析 |
| 4.1 兰州鲇GH基因的克隆、测序 |
| 4.2 兰州鲇GH基因结构分析 |
| 4.3 兰州鲇GH基因和其他物种GH基因序列的比较分析 |
| 5 讨论 |
| 5.1 GH基因的结构特征 |
| 5.2 兰州鲇与其他物种GH基因编码区核苷酸序列的比较 |
| 5.3 GH基因系统发育分析 |
| 试验二 兰州鲇GH基因和MSTN基因多态性和生长相关性研究 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 试验样品采集和相关数据的测定 |
| 1.2 生长数据采集及方法 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 兰州鲇基因组DNA的提取与检测 |
| 2.3 引物的设计 |
| 2.3.1 兰州鲇GH基因筛选引物的设计 |
| 2.3.2 兰州鲇MSTN基因筛选引物的设计 |
| 2.4 GH基因和MSTN基因扩增结果 |
| 2.5 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.5.1 12～15%聚丙烯酰胺凝胶制备及电泳 |
| 2.5.2 非变性的丙烯酰胺凝胶的制备 |
| 2.5.3 PCR产物变性及上样 |
| 2.5.4 银染显色 |
| 3 统计方法 |
| 3.1 等位基因频率(Allele frequencies) |
| 4 结果分析 |
| 4.1 兰州鲇GH基因PCR扩增结果 |
| 4.2 兰州鲇GH基因的多态性及生长相关行分析 |
| 4.3 SNPs检测与兰州鲇生长相关性状关联的分析 |
| 4.3.1 GH基因的SNPs测序结果 |
| 4.3.2 GH基因多态性与兰州鲇生长性状的相关性分析 |
| 4.4 兰州鲇MSTN基因的多态性检测及其生长相关性分析 |
| 4.4.1 SSCP检测结果 |
| 4.4.2 MSTN基因的SNPs测序结果 |
| 4.4.3 MSTN等位基因及基因频率 |
| 4.4.4 MSTN基因多态性与兰州鲇生长性状的相关性分析 |
| 5 讨论 |
| 5.1 GH基因多态性与生长性状相关性分析 |
| 5.2 MSTN基因多态性与生长性状相关性分析 |
| 第三章 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
（7）河南省黄颡鱼和鲇自然居群遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 前言 |
| 1.1 遗传多样性概述 |
| 1.1.1 遗传多样性的含义 |
| 1.1.2 鱼类遗传多样性的研究方法 |
| 1.1.3 遗传多样性的研究意义 |
| 1.2 ISSR分子标记及研究鱼类遗传多样性的概况 |
| 1.2.1 ISSR分子标记的原理 |
| 1.2.2 ISSR分子标记的特点 |
| 1.2.3 ISSR分子标记研究鱼类遗传多样性的概况 |
| 1.3 黄颡鱼和鲇居群资源及研究现状 |
| 1.3.1 黄颡鱼和鲇的生物学特性 |
| 1.3.2 黄颡鱼和鲇的经济价值 |
| 1.3.3 黄颡鱼和鲇遗传多样性研究现状 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样本 |
| 2.1.2 主要实验仪器 |
| 2.1.3 主要实验试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 实验溶液的配制 |
| 2.2.2 样品预处理 |
| 2.2.3 基因组DNA的提取与检测 |
| 2.2.4 ISSR引物筛选 |
| 2.2.5 ISSR-PCR反应体系的优化 |
| 2.2.6 ISSR-PCR反应条件选择 |
| 2.2.7 ISSR-PCR扩增检测 |
| 2.3 数据统计与分析 |
| 2.4 遗传多样性参数 |
| 3 结果 |
| 3.1 样品预处理结果 |
| 3.2 基因组DNA的检测结果 |
| 3.3 ISSR引物筛选结果 |
| 3.4 ISSR-PCR最佳反应体系 |
| 3.4.1 ISSR-PCR反应体系正交设计试验结果 |
| 3.4.2 ISSR-PCR最佳反应体系 |
| 3.5 ISSR-PCR最佳反应条件 |
| 3.5.1 ISSR-PCR最佳循环次数优化结果 |
| 3.5.2 ISSR引物最佳退火温度优化结果 |
| 3.6 ISSR-PCR扩增结果 |
| 3.7 黄颡鱼居群的遗传多样性与遗传结构 |
| 3.7.1 黄颡鱼居群遗传多样性 |
| 3.7.2 黄颡鱼居群遗传结构 |
| 3.8 鲇居群的遗传多样性及遗传结构 |
| 3.8.1 鲇居群遗传多样性 |
| 3.8.2 鲇居群遗传结构 |
| 4 讨论 |
| 4.1 样品的保存和提取方法 |
| 4.2 黄颡鱼和鲇ISSR-PCR的反应体系与条件 |
| 4.3 黄颡鱼和鲇遗传多样性 |
| 4.3.1 黄颡鱼遗传多样性分析 |
| 4.3.2 鲇遗传多样性分析 |
| 4.4 黄颡鱼和鲇遗传结构分析 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A：三居群间和居群内个体间的遗传距离 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的科研成果 |
（8）基于RAD-seq技术的南方鲇高密度遗传连锁图谱构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1 遗传图谱构建概述 |
| 1.1 遗传图谱构建的理论基础 |
| 1.2 遗传图谱构建方法 |
| 1.3 遗传图谱应用 |
| 2 单核苷酸多态性（SNP）及其应用 |
| 2.1 SNP的起源和突变机制 |
| 2.2 SNP的优势 |
| 2.3 SNP的应用 |
| 3 简化基因组测序技术概述 |
| 3.1 降低代表性测序 |
| 3.2 RAD测序 |
| 3.3 改进的RAD测序技术 |
| 3.4 降低覆盖度测序分型 |
| 4 鱼类遗传图谱构建研究进展 |
| 4.1 模式鱼类遗传图谱研究 |
| 4.2 养殖鱼类遗传图谱 |
| 4.3 鲇形目鱼类遗传图谱 |
| 5 本研究目的和意义 |
| 第2章 南方鲇高通量SNP标记的开发及验证 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 作图群体的构建 |
| 2.2 基因组DNA提取 |
| 2.3 DNA浓度与纯度的检测 |
| 2.4 RAD测序文库的构建及测序 |
| 2.5 RAD测序数据的预处理和SNP分型 |
| 2.6 Sanger测序验证分型准确性 |
| 3 结果 |
| 3.1 作图群体的选择与基因组DNA的提取 |
| 3.2 RAD测序及初始数据的过滤 |
| 3.3 SNP识别及基因型分型 |
| 3.4 Sanger测序验证分型准确性 |
| 4 讨论 |
| 4.1 利用RAD测序技术开发SNP标记 |
| 4.2 Sanger测序验证分型准确性 |
| 4.3 利用高通量测序技术进行标记开发的策略 |
| 5 小结 |
| 第3章 南方鲇高密度遗传图谱的构建及利用JOINMAP 4.0 对遗传图谱的验证 |
| 第1节 南方鲇高密度遗传图谱的构建 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 高密度遗传图谱的构建 |
| 3.2 基因组长度估计和图谱覆盖度估计 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第2节 利用JOINMAP 4.0 对遗传图谱的验证 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 经标记筛选后得到的遗传图谱 |
| 3.2 用JoinMap作图得到的遗传图谱 |
| 4 讨论 |
| 4.1 经标记筛选后的遗传图谱与之前所构遗传图谱的比较 |
| 4.2 两种作图软件所构遗传图谱的比较 |
| 5 小结 |
| 结论与展望 |
| 1 研究结论 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 缩略表 |
| 致谢 |
| 在校期间科研实践情况 |
（9）南方大口鲶烂尾病病原菌的分离鉴定及药敏试验（论文提纲范文）
| 0引言 |
| 1材料与方法 |
| 1. 1试验材料 |
| 1. 2细菌分离保存 |
| 1. 3人工感染试验 |
| 1. 4病原菌鉴定 |
| 1. 5药敏试验 |
| 2结果与分析 |
| 2. 1细菌分离结果 |
| 2. 2人工感染结果 |
| 2. 3生理生化鉴定试验结果 |
| 2. 4分子鉴定结果 |
| 2. 5药敏试验结果 |
| 3讨论 |
| 4结论 |
（10）兰州鲇线粒体Cytb基因的克隆与序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 兰州鲇基因组DNA的提取 |
| 1.3 兰州鲇线粒体Cytb基因的克隆与筛选 |
| 引物设计 |
| PCR反应体系及条件 |
| 扩增产物的回收及阳性克隆的筛选 |
| 1.4 序列测定和系统发育分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 兰州鲇线粒体Cytb基因全序列PCR扩增和酶切结果 |
| 2.2 兰州鲇线粒体Cytb全序列 |
| 2.3 兰州鲇与13种鱼类Cytb基因的同源性比较 |
| 2.4 兰州鲇与几种鲇属鱼类Cytb基因的碱基替代分析 |
| 2.5 兰州鲇线粒体Cytb不同测序结果之间的差异分析 |
| 3 讨论 |
四、大口鲇(Silurus meridionalis)核基因组DNA研究初探（论文参考文献）
- [1]皱纹盘鲍与西氏鲍性染色体的识别和性别分子标记的开发[D]. 罗晗娇. 集美大学, 2021
- [2]基于全基因组测序的南方鲇性别连锁分子标记开发和性别决定候选基因鉴定[D]. 郑树清. 西南大学, 2020
- [3]基于第二代测序技术兰州鲇线粒体基因组全序列测定与分析[J]. 连总强,滚双宝,李力,张锋,肖伟,吴旭东. 水生生物学报, 2017(02)
- [4]兰州鲇G-SSR和EST-SSR在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性研究[J]. 杨忠礼,连总强,吴旭东,俞兆曦,王燕,肖伟,赛清云. 河南农业科学, 2016(06)
- [5]兰州鲇EST-SSR分子标记的开发及其在鲇形目和鲤形目鱼类中的通用性研究[D]. 杨忠礼. 甘肃农业大学, 2016(08)
- [6]兰州鲇GH和MSTN基因多态性及生长相关性研究[D]. 王发新. 甘肃农业大学, 2016(08)
- [7]河南省黄颡鱼和鲇自然居群遗传多样性分析[D]. 李艳洁. 河南师范大学, 2016(04)
- [8]基于RAD-seq技术的南方鲇高密度遗传连锁图谱构建[D]. 谢蜜蜜. 西南大学, 2016(02)
- [9]南方大口鲶烂尾病病原菌的分离鉴定及药敏试验[J]. 黄伟德,黄艳华,梁静真,龙苏,牛志伟,范华龙,黄钧,曾桂忠. 南方农业学报, 2015(09)
- [10]兰州鲇线粒体Cytb基因的克隆与序列分析[J]. 吴旭东,肖伟,连总强,侯玉霞. 水生生物学报, 2014(04)