一、m tDNA在家畜遗传育种中的应用（论文文献综述）
徐琳娜,李国林[1]（2012）在《藏系绵羊遗传多样性的研究进展》文中认为本文系统的论述了藏系绵羊在表型和地域、形态学遗传标记、细胞学遗传标记、生化遗传标记和分子遗传标记等不同方面的遗传多样性研究的概况,说明了藏系绵羊的遗传多样性研究目前仍处于起步水平,因此有必要对藏系绵羊的遗传多样性进行更深入的研究,尤其加强DNA分子水平上的研究。
黄勤华[2]（2008）在《贵州四个山羊品种mtDNA Cytb基因多态性研究》文中提出本研究对贵州山羊四个山羊品种,共计55个个体mtDNA细胞色素b基因片段进行测序分析和比较,55头贵州山羊mtDNA Cytb基因序列长均为1140bp,且以起始密码子ATG开始,中间没有插入/缺失,以终止密码子AGA结束。分析其碱基组成和序列间碱基的变异,在55个贵州山羊个体Cyt b基因序列中,总共发现11个变异位点,11个多态位点中转换61次（59次C/T转换、2次A/G转换,10次T/G颠换）。其中有59个变异为同义变异,有2个变异为非同义变异;观察到9种单倍型,各品种中单倍型多样性为0.442—0.889,核苷酸多样度为0.00145—0.0025,这表明贵州山羊的遗传多样性处于中等水平;实验所得4个贵州山羊存在两个母系起源,即支系A（Lineage A）和支系B（Lineage B）。其中支系A中存在5个单倍型GZB1、QDX2、QDX3、GZW4和GZW5占76.36%（42/55）,支系B中也有5个单倍型QDX1、GZB4、GZW9、GZW16和GZB21,占23.64%（13/55）。10种单倍型中有6个为品种独享,4个为各品种内个体共享,即单倍型GZB1代表23个个体（12个贵州黑山羊、8个贵州麻羊和3个贵州白山羊）,9个贵州小香羊个体共享单倍型QDX2,7个个体（4个小香羊及白山羊、黑山羊和麻羊各1个）共享单倍型QDX3,6个个体（2个黑山羊和4个麻羊）共享单倍型GZB4,3个小香羊共享单倍型QDX1,分别有2个白山羊共享单倍型GZW9和GZW4,而单倍型GZW5、GZW16和GZB21各观察到1个个体。基于群体间遗传距离构建的贵州个山羊品种间的邻接树中也可以看出:贵州山羊品种分为两大类群,即:盘县黑山羊、黔北麻羊和黔东南小香羊三个品种为一类;沿河白山羊1个品种为另一类。其中盘县黑山羊和黔北麻羊的亲缘关系最近,与黔东南的亲缘关系次之,与沿河白山羊的亲缘关系最远。
王志有[3]（2008）在《藏系绵羊KAP基因与部分经济性状的遗传相关性研究》文中指出采用PCR-SSCP和基因测序技术,对高原型、欧拉型和乔科型三个类型藏系绵羊共254只个体的KAP3.2、KAP6.1和KAP7基因部分序列及KAP8基因外显子进行了多态性分析,利用最小二乘线形模型分析了体重、毛长和产毛量性状与基因多态性的相关性。并通过经济性状与多态位点的遗传相关计算了各位点的选择反应以确定经济性状的优势标记位点,为藏系绵羊分子标记辅助选择提供理论依据。结果如下:1.基因多态性分析表明:KAP3.2、KAP6.1、KAP7和KAP8四个基因座在三类藏系绵羊上均存在多态性,除乔科型在KAP8位点只检测到AB和BB两种基因型外,三类藏系绵羊在各位点均检测到AA、AB和BB三种基因型;测序表明:藏系绵羊KAP3.2基因上存在一个C→T的突变（271bp）,KAP8外显子上存在一个T→C的突变（1122 bp）,这两个突变均属于同义突变;KAP7基因5′调控区存在一个T→C的突变（102 bp）。2.群体遗传学分析表明:在KAP3.2位点,高原型藏系绵羊的A基因为优势等位基因,而欧拉型和乔科型的优势等位基因则为B基因,在KAP6.1、KAP7和KAP8位点,三类藏系绵羊等位基因的分布高度一致,B基因频率远高于A基因频率;三类藏绵羊在KAP3.2和KAP6.1位点处于中度多态,欧拉型和乔科型在KAP7位点以及高原型在KAP8位点也处于中度多态;三类藏绵羊在KAP3.2位点均处于Hardy-Weinberg非平衡状态,高原型和欧拉型在KAP8位点以及乔科型在KAP7位点上也处于Hardy-Wein- berg非平衡状态。3.基因型效应分析表明:（1）在体重性状上,高原型和乔科型KAP7位点BB基因型的最小二乘均值（LSM）显着高于AA型和AB型（P﹤0.01）,欧拉型KAP6.1位点BB基因型显着高于AA型（P﹤0.05）,KAP8位点AA基因型显着高于BB型（P﹤0.05）,KAP6.1位点的选择反应（0.9153）大于KAP8位点（0.8905）。KAP7位点可作为高原型和乔科型藏系绵羊体重性状的标记位点,KAP6.1位点可作为欧拉型藏系绵羊体重性状的优势标记位点。（2）在毛长性状上,高原型KAP3.2位点AA基因型显着高于BB型（P﹤0.05）,KAP6.1位点AA基因型显着高于AB型（P﹤0.05）;欧拉型KAP3.2位点AA基因型极显着高于BB型（P﹤0.01）,KAP6.1和KAP7位点AA基因型分别显着高于AB型与AB、BB基因型（P﹤0.05）;乔科型KAP3.2位点AA基因型极显着高于AB型（P﹤0.01）,KAP6.1位点AA基因型显着高于AB型和BB型（P﹤0.05）,KAP8位点AB基因型极显着高于BB型（P﹤0.01）。高原型和欧拉型在KAP3.2位点的选择反应最大,可作为优势标记位点;乔科型在KAP8位点的选择反应最大,可作为优势标记位点。（3）在产毛量性状上,高原型KAP3.2位点AA基因型显着高于AB型（P﹤0.05）,KAP8位点AB基因型显着高于AA型和BB型;欧拉型KAP3.2位点AA基因型显着高于AB和BB型（P﹤0.05）,KAP6.1位点BB基因型显着高于AA和AB型（P﹤0.01）,KAP8位点AB基因型显着高于BB型（P﹤0.05）;乔科型KAP3.2和KAP7位点的AA基因型均显着高于AB型和BB型（P﹤0.05）,KAP8位点AB型显着高于BB型（P﹤0.05）。高原型和欧拉型在KAP8位点的选择反应最大,可作为优势标记位点;乔科型在KAP7位点的选择反应最大,可作为优势标记位点。
张旭刚[4]（2008）在《大足黑山羊与周边黑山羊品种（群体）mtDNA D-loop序列多态性研究》文中提出中国是世界上家养动物品种资源最丰富的国家之一,据近年来有关专着和报道,我国现有山羊品种48个。然而,随着外国高产家畜品种的不断引进,杂交改良、人工授精、胚胎移植工作的深入展开,使的我国古老、土着家畜品种受到严酷竞争和排挤,造成地方品种群体数量急剧下降,甚至濒临灭绝。在我国西南地区,特别是四川盆地形成了具有浓郁地方特色的山羊品种（群体）。大足黑山羊群体是西南大学近年发现的一个具有高繁殖性能的黑山羊群体,其分布区的自然环境相对封闭,与外界基因交流较少,可作为一个独立的种群。为了保护和利用好这一遗传资源,课题组对大足黑山羊及周边地区几个黑山羊品种（群体）的遗传多样性进行了基础研究。本研究利用mtDNA D-loop分子标记对川、渝、滇三地的5个黑山羊品种或群体（大足黑山羊、川东黑山羊、营山黑山羊、乐至黑山羊、圭山黑山羊）,共计86个个体进行遗传多样性分析。结合GenBank上的山羊mtDNA全序列,采用软件DNAMAN、BioEdit、ClustalW、MEGA4.0、DNASP对其进行了遗传多样性进化分析。通过计算遗传杂合度、多态信息含量、NEI氏遗传距离,分别用非加权配对算术平均法聚类分析和邻近结合法,分析品种（群体）之间的遗传变异情况。结果表明:1.测试黑山羊品种（群体）mtDNA片段长度16kb左右,mtDNA D-loop片段长度为1210～1214 bp,5个黑山羊群体之间mtDNA D-loop区的部分序列中A、T、G、C含量没有明显的差别,变异碱基只要集中在400～850bp之间,在650bp处左右变异最为集中。越是伸向两端,碱基变异越少,各品种碱基组成A+T（约60%）远大于C+G（约40%）;2.从总体上看,5个黑山羊品种均具有丰富的单倍型,共检测到50个单倍型,群体间共有多态位点311个,其中,单一多态位点82个,简约信息位点229个,单倍型多样度（Hd）为0.91912～1.00000,核苷酸多样度（Pi（p））为0.01455～0.02171,多态位点数12.86%～29.58%;D-loop序列多样性较丰富。3.在5个研究的黑山羊群体中,乐至黑山羊群体内的遗传距离（0.0223±0.0028）远远高于其余4个群体,与群体总的平均遗传距离接近（0.0210±0.0028）。营山黑山羊是所研究的5个黑山羊群体中,群体内遗传距离最小的群体（0.0149±0.0026）。4.对5个黑山羊品种（群体）基于Da值、Dxy值进行聚类分析,川东黑山羊与营山黑山羊首先聚在一起,说明它们间的亲缘关系较近,后依次与大足黑山羊、乐至黑山羊、圭山黑山羊聚类。
宋洁,张小芳,刁雪淘,金梅[5]（2008）在《线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展》文中研究指明动物线粒体DNA是共价闭合的环状双链DNA,在真核生物具有高保守性,使其成为了研究物种进化的一种常用的标记,并为线粒体起源提供了有价值的线索。通过动物线粒体DNA从分子水平上研究类群的系统关系,获得种群遗传多态性的资料及建立种群遗传标记,对类群系统关系研究有重要意义。
牛华锋[6]（2008）在《十个绵羊品种mtDNA遗传多态性与系统进化研究》文中指出为了进一步明确我国地方绵羊品种的起源、分类及遗传关系,本研究从中国甘肃、宁夏、陕西、山东、河南、新疆、青海等省、市自治区采集了兰州大尾羊（Lanzhou large tail sheep,LLT）、滩羊（Tan sheep,TS）、同羊（Tong sheep,TTS）、小尾寒羊（Small-tail han sheep,STH）、大尾寒羊（Large-tail han sheep,LTH）、阿勒泰羊（Aletail sheep,ALT）、西藏羊（Tibetan sheep,TBS）、多浪羊（Duolang sheep,DL）8个地方品种,并在陕西榆林采集了2个外来纯种萨福克绵羊（Suffolk sheep,SFK）和道塞特绵羊（Dorset sheep,DST）作为对照。本试验采用上游引物L15387 :5′AGCCCCACTATCAACACC3′和下游引物H16149:5′AAATAGTTACCCCCACAGTTAG3′。具体扩增序列位置是靠近tRNA pro一侧的D-loop 763 bp ,其中包含了D-loop上游50 bp。并通过测序分析D-loop高变区序列对我国的绵羊品种进行起源进化和多态性研究,结果如下:1.本试验所研究序列已提交GenBank,登录号:EF494774～EF494792,EF494802～EF494826,EF494875～EF600931,EF494842～EF600924,EF494866～EF600929,EF600912～EF600917。供试绵羊mtDNA D-loop HVI序列A、T含量占优势,其中国绵羊品种与外来品种mtDNAD-loop序列碱基组成没有明显的差异,说明了绵羊mtDNAD-loop为A、T富集区。2.供试绵羊mtDNA D-loop序列的长度范围为522 bp～683 bp,共有19种分子类型。这种长度变异除了少数碱基的缺失和插入之外,主要是由于D-loop区存在2～5个75 bp的串连重复序列所致。但这种序列长度的变异在单倍型中的出现是随机的,并不能作为单倍型的序列特征。3.本试验所获得的93条绵羊mtDNA D-loop序列,共发现了63种单倍型,共有73个变异位点,其中单一多态位点有30个,简约信息位点有43个。除了缺失和插入位点外,还包括22处碱基转换和1处碱基颠换,转换和颠换之比为14.8。说明绵羊线粒体碱基替换存在转换偏倚现象。4.本试验所获得的93条绵羊mtDNA D-loop序列单倍型多样度和核苷酸多样性分别为0.981、0.02900,平均核苷酸差异数K为9.309,反映了中国绵羊品种遗传多样性较贫乏。5.对D-loop区所测个体的所有单倍型利用MEGA 4.0进行NJ, UPGMA和ME聚类时,中国绵羊mtDNA D-loop单倍型序列聚类成A、B、和C三大支系。为了增加结果的可靠性,借用GenBank己发表的摩佛伦羊、赤羊、羱羊、盘羊和家绵羊的D-loop区序列与本研究中的所有序列一同聚类,结果摩佛伦羊聚在B单倍型组中,说明摩佛伦羊与家绵羊的关系较近。而赤羊自成一类,并没有出现在3个单倍型组中。说明现代家绵羊存在3个母系起源,且第三个母系起源地可能就在中国。
冯文豪[7]（2008）在《贵州三个地方猪种遗传多样性及亲缘关系研究》文中研究表明提取宗地花猪、关岭猪和江口箩卜猪线粒体总DNA,参照国外已有报道的猪种线粒体基因组D-LOOP序列设计引物,PCR扩增、胶回收纯化、克隆、测序,获得此三种猪的线粒体D-LOOP高变区580bp序列,以此进行生物信息学分析和准确的系统发育分析,基因组结构和碱基组成上相似,其序列同源性都较高。对宗地花猪的线粒体d-loop克隆测序,得出其全长1201 bp序列,发现存在个体长度异质性,初步探讨了串联重复序列的数目变异导致D-loop区长度异质性,产生这种数目变异的原因可能是不对称复制过程中的滑动错配造成的影响。利用GenBank检索得到的线粒体d-loop高变区序列,我们讨论了宗地花猪、关岭猪及江口萝卜猪和已报道过的31个猪种之间的起源进化关系,以线粒体控制区高变区构建进化树,我们分别通过两种不同的方法构建了进化树,都得到了基本一致的结论:①国内猪种和国外猪种呈现出明显的两个大类群,宗地花猪、关岭猪和江口萝卜猪毫无争议的归类于国内类群;②宗地花猪和藏猪有较近的亲缘关系,和与其相邻的关岭猪反而较远,这与传统的分类方法的分类,即按地理位置进行分类的结果是相矛盾的。关岭猪和通城猪、姜曲海猪、玉山黑猪等有较近的亲缘关系,江口萝卜猪和梅山猪有较近的亲缘关系。我们还对这3个猪种（两个品种,一个资源）进行屠宰测定和实地调查得出胴体性状和生产性能各个指标。肉香、抗逆性强、被毛黑色或以黑色为主、生长缓慢基本是三个猪种共同的特点。宗地花猪肉香皮糯,在滴水损失、熟肉率、失水率等各个指标上均要优于大白猪。
孙玉江,踏娜,赛娜,曹雁行,芒来[8]（2007）在《中国矮马遗传资源保护与利用研究》文中提出
赵倩君[9]（2007）在《中国部分绵羊群体的起源、遗传多样性及保护研究》文中指出为了进一步了解我国绵羊起源、群体遗传结构、群体遗传关系，本研究利用线粒体DNA（mtDNA）标记分析了滩羊、苏尼特羊、迪庆羊、岗巴羊、浪卡子羊、豫西脂尾羊、内蒙古细毛羊、阿勒泰羊、多浪羊、大尾寒羊、晋中绵羊、蒙古羊（多角）羊等15个绵羊品种（群体）的遗传多样性和起源进化。利用PCR-SSCP技术检测绵羊线粒体ND5基因片段多态性，并基于PCR-SSCP结果测定了D-loop全序列和细胞色素B（Cytb）全序列，分别应用邻接法（NJ）和非加权成组配对法（UPGMA）构建系统发生树；同时进行了网络进化和群体扩张分析。采用29对微卫星标记分析了岗巴羊、浪卡子羊、豫西脂尾羊等16个绵羊品种（群体）的遗传变异，计算了群体的杂合度、等位基因数、遗传分化系数等，构建了品种聚类树。应用边际多样方法，分析了豫西脂尾羊、浪卡子绵羊、滩羊等24个品种（群体）的灭绝概率、品种贡献率、边际多样性和保护潜力，确定了优先保护次序和保护资金优化分配方案。形成如下结果：1．利用PCR-SSCP技术检测到我国绵羊群体存在三种单倍型，且我国绵羊群体以亚洲型（单倍型A）为优势单倍型；2．测定了15个绵羊群体114个个体的线粒体D-loop全序列，结果得到105个单倍型；基于D-loop全序列系统发育分析将我国绵羊聚为4个支系，其中支系D为新发现的支系；揭示我国家绵羊至少存在3个母系起源，摩佛伦羊与中国绵羊有较近的亲缘关系。经网络进化分析、Fu’S检验和核苷酸不配对分布曲线分析，A、B、C三个支系经历过群体扩张。3．测定了15个绵羊群体42个个体的线粒体Cytb基因全序列，结果得到40个单倍型；基于Cytb基因全序列系统发育分析同样将我国绵羊分为4个支系。4．群体遗传距离分析显示多角羊与普通绵羊距离较远。5．微卫星标记分析结果表明我国绵羊群体遗传多样性较丰富，多态信息含量（PIC）均值为0.698，平均杂合度（H）为0.74。6．基于DA距离构建的NJ聚类树将16个绵羊群体聚为4类，聚类结果与品种育成史、地理分布基本一致，但个别群体聚类结果难以从以上角度解释。7．若以保护潜力为依据，绵羊群体的优先保护次序为兰州大尾羊、汉中绵羊、滩羊、贵德黑裘皮羊、滩羊、豫西脂尾羊、多浪羊和腾冲绵羊等。8．比较分析了不同保护模型的保护效果，确定保护资金配额与有效群体成互作效应模型（即模型A）为保护资金配置最佳模型，具体投资分配方案为：多浪羊（8％）、腾冲绵羊（6％）、豫西脂尾羊（11％）、滩羊（3％）、兰州大尾羊（33％）、贵德黑裘皮羊（18％）和汉中绵羊（21％）。
郭军[10]（2007）在《中国绵羊主要类群进化关系分析》文中进行了进一步梳理人类何时，为何以及如何驯化绵羊的?探寻这些问题的答案不仅仅是为了满足人类的好奇，这些问题的解决对于绵羊遗传资源的保护、利用以及了解人类的历史有着重要的参考价值。根据线粒体DNA研究，绵羊由A、B、C三大类群组成（最近发现的D、E两类群由于数量过少有待进一步证实）。目前，GenBank上只收录了绵羊B型线粒体完整序列，A型线粒体DNA只有部分编码区和控制区序列，C型线粒体DNA只有控制区序列。本试验目标之一是获取绵羊A、B、C三类群完整线粒体DNA序列。为此，我们采集了绵羊A、B、C三大类群12份样品，提取线粒体DNA，设计11对引物分段扩增绵羊线粒体DNA，克隆测序。然后利用生物信息学软件对线粒体编码的RNA及蛋白质进行了结构预测，分析类群间碱基替换是否影响线粒体编码基因的功能。之后，利用PALM以及DNA SP软件包检测了线粒体DNA蛋白质编码区是否受达尔文正选择作用。最后，利用线粒体DNA编码区序列计算了各类群的分化时间。为了分析中国绵羊的群体遗传结构以及历史变化规律，我们以实验室积累的线粒体DNA控制区序列为主体，结合从GenBank挖掘的序列，构建了数据集。利用MEGA以邻接法重建了系统进化树：通过PAUP*和ModelTest软件获得最优碱基替代模型，用TREE-PUZZLE软件构建最大似然树；利用Network构建了网络图；利用Arliquin软件包分析了群体扩张情况。通过分析绵羊线粒体DNA，我们得出以下结论：1)绵羊A、B、C型线粒体DNA编码区共有144处碱基变异。在RNA编码区共发现24处碱基变异，RNA二级结构预测表明这些碱基变异不会改变RNA的构象。13个线粒体蛋白质编码基因共检测到8处氨基酸替换。经过多重比对及结构分析，非同义替换不会影响蛋白质功能。2)绵羊mtDNA蛋白质编码区没有受到正选择作用。3)计算了分化时间。A类群为0.21百万年：B类群为0.32百万年；C类群为0.32百万年。绵羊分化时间正好处于更新世大型食草动物物种爆发期。4)发现绵羊三个类群经历过群体扩张，扩张次序依次为B类群、A类群、C类群。核苷酸不配对分析表明绵羊三个类群从很小的群体扩张，三次驯化事件形成了绵羊母系群体。5)发现野生盘羊入侵绵羊。6)证实绵羊存在D类群7)获得绵羊A、C类群mtDNA全序列，重新校正B类群mtDNA序列。结合研究结果，我们从线粒体DNA角度探讨了绵羊品种引进、改良工作，并预测了绵羊外来品种所携带的线粒体DNA不会在改良群体中固定。在第二章我们讨论了绵羊物种形成过程以及类群C的来源。最后，我们对未来的研究工作提出一些建议。
二、m tDNA在家畜遗传育种中的应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、m tDNA在家畜遗传育种中的应用（论文提纲范文）
（1）藏系绵羊遗传多样性的研究进展（论文提纲范文）
| 1 形态学遗传标记 |
| 2 细胞学遗传标记 |
| 3 生化遗传标记 |
| 4 分子遗传标记 |
| 4.1 限制性片段长度多态性 (RFLP) |
| 4.2 随机扩增多态性 (RAPD) |
| 4.3 扩增片段长度多态性 (AFLP) |
| 4.4 微卫星标记 (SSR) |
| 4.5 单核苷酸序列多态性 (SNPs) |
（2）贵州四个山羊品种mtDNA Cytb基因多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 一、前言 |
| 1.动物遗传多样性及其研究方法 |
| 1.1 研究家畜品种资源遗传多样性的必要性和重要性 |
| 1.1.1 遗传多样性的概念 |
| 1.1.2 我国及我省遗传资源状况 |
| 1.1.3 家畜遗传资源的价值 |
| 1.1.4 开展家畜遗传多样性研究的重要性和必要性 |
| 1.2 家畜遗传多样性研究的基本途径和方法 |
| 1.2.1 形态学标记 |
| 1.2.2 细胞遗传学标记 |
| 1.2.3 生化遗传学标记 |
| 1.2.4 免疫学标记 |
| 1.2.5 DNA多态性分析 |
| 1.3 线粒体DNA在家畜遗传多样性研究中的应用 |
| 1.3.1 家畜线粒体DNA的基本特征 |
| 1.3.2.动物mtDNA的D-环复制 |
| 1.3.3 动物mtDNA的遗传特性 |
| 1.4 线粒体DNA在家畜遗传育种中的应用 |
| 1.4.1 遗传多样性研究 |
| 1.4.2.品种间起源进化研究 |
| 1.4.3 与生产性能的关系 |
| 2、山羊遗传多样性研究概况 |
| 2.1 山羊的起源 |
| 2.2 中国山羊的物种资源 |
| 2.3 贵州山羊的种质资源 |
| 2.4 线粒体DNA Cytb在山羊遗传多样性及系统进化研究中的应用 |
| 2.5 贵州山羊遗传多样性研究概况 |
| 二、本研究的目的及意义 |
| 三、材料、方法和试验结果 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 试剂的配制 |
| 3.2.2 主要试验仪器 |
| 3.2.3 试剂来源 |
| 3.2.4 样品的采集及DNA的提取 |
| 3.2.5 扩增及测序引物的设计 |
| 3.2.6 mtDNA Cytb序列PCR扩增 |
| 3.2.7 电泳的及结果记录 |
| 3.2.8 PCR产物的回收 |
| 3.2.9 mtDNA Cytb序列测序 |
| 3.3 统计分析方法 |
| 3.3.1 序列编辑 |
| 3.3.2 序列比对 |
| 3.3.3 MGEA3.0软件的应用 |
| 3.3.4 DNAsp软件的应用 |
| 四 贵州四个山羊品种mtDNA Cytb的遗传多样性 |
| 4.1 实验结果 |
| 4.1.1 提取的DNA的检测结果 |
| 4.1.2 PCR片段圹增图 |
| 4.1.3 测序结果 |
| 4.2 贵州四个山羊品种mtDNA Cytb序列变异 |
| 4.2.1 碱基组成比较 |
| 4.2.2 多态位点分析 |
| 4.3 贵州四个山羊品种遗传多样性分析 |
| 4.4 贵州四个山羊品种单倍型间的系统发育分析 |
| 4.5 贵州四个山羊品种间的亲缘关系分析 |
| 五、讨论 |
| 5.1 PCR反应 |
| 5.2 贵州山羊的遗传多样性 |
| 5.3 贵州山羊品种间的亲缘关系 |
| 5.4 贵州山羊的母系起源 |
| 六、结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（3）藏系绵羊KAP基因与部分经济性状的遗传相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 藏系绵羊遗传资源的现状 |
| 1.1.1 我国绵羊的起源和分类 |
| 1.1.2 藏系绵羊遗传资源的现状 |
| 1.1.3 三个生态类型藏系绵羊的数量和分布 |
| 1.2 分子遗传标记的分类和特点 |
| 1.2.1 分子遗传标记的分类和特点 |
| 1.2.2 藏系绵羊分子标记的研究进展 |
| 1.3 绵羊羊毛性状的研究现状 |
| 1.3.1 羊毛的结构和生长 |
| 1.3.2 羊毛性状的分子研究 |
| 第二章 试验研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.1.3 统计分析方法及工具软件 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 绵系绵羊基因组DNA 的提取和PCR 扩增 |
| 2.2.2 藏系绵羊KAP 基因的SSCP 检测 |
| 2.2.3 藏系绵羊KAP 基因的基因型测序分析 |
| 2.2.4 藏系绵羊KAP 基因的遗传多态性分析 |
| 2.2.4.1 各多态位点的等位基因频率和基因型频率 |
| 2.2.4.2 各多态位点遗传参数分析 |
| 2.2.5 藏系绵羊KAP 基因的遗传多态性与经济性状的相关分析 |
| 2.2.5.1 体重性状各标记位点基因型效应分析 |
| 2.2.5.2 毛长性状各标记位点基因型效应分析 |
| 2.2.6 藏系绵羊KAP 基因与部分经济性状的遗传方差和标记选择反应分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 PCR-SSCP 影响因素的分析 |
| 2.3.2 关于藏系绵羊KAP 基因的遗传分析 |
| 2.3.3 KAP 基因的多态性及其与经济性状的遗传相关性 |
| 2.3.4 藏系绵羊KAP 基因与主要经济性状的分子标记选择 |
| 2.4 结论 |
| 参考文献 |
| 附件 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（4）大足黑山羊与周边黑山羊品种（群体）mtDNA D-loop序列多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1. 线粒体及mtDNA概述 |
| 1.1 线粒体 |
| 1.2 线粒体DNA(mtDNA) |
| 1.3 mtDNA的基本特征 |
| 1.4 线粒体基因组的复制 |
| 1.5 线粒体基因的遗传密码及RNA编辑 |
| 1.6 母性遗传方式 |
| 1.7 遗传自主性 |
| 1.8 组织特异性 |
| 1.9 线粒体基因组与核基因组的关系 |
| 2 mtDNA的多态性 |
| 2.1 多态性产生的原因 |
| 3 mtDNA多态性的研究分析方法 |
| 3.1 直接测序法 |
| 3.2 限制性片段长度多态性(RFLP) |
| 4 mtDNA分析的应用 |
| 4.1 mtDNA分析在物种遗传育种中的应用 |
| 4.2 mtDNA在物种鉴定与物种生物学中的应用 |
| 4.3 mtDNA分析在家畜上的应用 |
| 5 mtDNA在家畜遗传育种研究中的应用前景 |
| 6 结语 |
| 第二章 正文 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 样品的采集与保存 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 主要药品、试剂的购买和配制 |
| 1.4 试验方法 |
| 1.5 数据处理及统计分析 |
| 1.6 遗传距离的估算 |
| 2 试验结果 |
| 2.1 总DNA电泳检测图谱、mtDNA D-loop扩增图谱 |
| 2.2 mtDNA D-loop序列的碱基组成及多态性位点表 |
| 2.3 mtDNA D-loop序列系列分析表及分布图 |
| 2.4 5个黑山羊群体核苷酸序列D和F统计检验值中性检测 |
| 2.5 品种(群体)间遗传距离(D) |
| 2.6 品种(群体)内及之间线粒体序列的聚类结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 DNA的提取 |
| 3.2 PCR扩增 |
| 3.3 PCR测序 |
| 3.4 遗传多样性参数分析 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 第三章 附录 |
| 附I mtDNA作为分子标记的优势分析表 |
| 附II 5个黑山羊群体碱基分布图 |
| 附III 各群体内具体的变异位点 |
| 附IV 5个黑山羊群体单倍体变异位点 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的文章 |
（5）线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展（论文提纲范文）
| 1 mtDNA基因组特点 |
| 1.1 结构比较简单、稳定, 分子量小 |
| 1.2 共价闭合的环状 |
| 1.3 与核基因的差异及其特殊性 |
| 1.4 在脊椎动物中 |
| 1.5 进化速度是单拷贝 |
| 2 mtDNA在家畜遗传育种中的应用 |
| 3 研究意义与展望 |
（6）十个绵羊品种mtDNA遗传多态性与系统进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 遗传多样性的概念及其意义 |
| 1.2 动物线粒体DNA 多态性研究进展 |
| 1.2.1 动物线粒体DNA 的结构特征 |
| 1.2.2 动物线粒体DNA 的遗传特征 |
| 1.2.3 动物线粒体DNA 的多态性和异质性 |
| 1.2.4 动物线粒体DNA 多态性研究现状 |
| 1.3 系统发育树的构建方法 |
| 1.3.1 由进化距离构建进化树的方法 |
| 1.3.2 MP 法(最大简约法，Maximumparsimony) |
| 1.3.3 ML 法(最大似然法，Maximumlikelihood method) |
| 1.4 结束语 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 样品的采集 |
| 2.2 试验药品和试剂 |
| 2.3 仪器设备 |
| 2.4 试剂配制 |
| 2.4.1 提取DNA 所用的试剂配制 |
| 2.4.2 琼脂糖电泳所用的有关试剂配制 |
| 2.5 试验方法 |
| 2.5.1 血液DNA 的提取 |
| 2.5.2 基因组DNA 质量及浓度检测 |
| 2.6 基因组DNA 扩增与PCR 产物 |
| 2.6.1 引物设计的思路和方法 |
| 2.6.2 引物的稀释 |
| 2.6.3 DNA 扩增 |
| 2.7 DNA 序列测序 |
| 2.8.1 核苷酸序列多态性分析 |
| 2.8.2 单倍型间的系统进化分析 |
| 2.8.3 单倍型间的网络分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA 的提取效果及PCR 产物的检测 |
| 3.1.1 基因组DNA 的提取效果 |
| 3.1.2 mtDNA D-loop 区PCR 产物的检测 |
| 3.2 mtDNA D-loop 区的核苷酸序列变异分析 |
| 3.2.1 碱基组成 |
| 3.2.2 序列长度变异 |
| 3.2.3 核苷酸变异 |
| 3.3 供试绵羊品种遗传多样性参数估计 |
| 3.4 单倍型分析 |
| 3.5 中国绵羊单倍型的系统发育 |
| 3.6 中国绵羊品种间的亲缘关系 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 绵羊mtDNAD-loop 的基本特征及其异质性 |
| 4.1.1 绵羊mtDNAD-loop 的基本特征及其异质性 |
| 4.1.2 绵羊mtDNA D-loop 的碱基变异 |
| 4.2 中国绵羊品种的起源进化研究 |
| 4.3 中国绵羊品种的亲缘关系 |
| 4.4 中国绵羊品种的遗传多样性 |
| 4.5 关于建树方法的选择 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 缩略词 |
| 附件 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（7）贵州三个地方猪种遗传多样性及亲缘关系研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 图版 |
| 表格 |
| 部分缩写中英文对照 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 一、前言 |
| 1.1 世界猪品种资源状况 |
| 1.2 中国地方猪品种资源 |
| 1.3 贵州宗地花猪、关岭猪和江口箩卜猪 |
| 1.4 动物遗传多样性及其研究方法 |
| 1.4.1 遗传多样性的概念 |
| 1.4.2 我国家养动物遗传多样性研究的重要性和必要性 |
| 1.4.3 动物遗传多样性研究的原理和方法 |
| 1.4.4 线粒体DNA在家畜遗传多样性研究中的应用 |
| 1.4.4.1 家畜MTDNA的基本特征 |
| 1.4.4.2 线粒体DNA及D-loop区在动物遗传多样性及系统演化中的应用 |
| 1.4.4.3 DNA序列分析方法 |
| 二、实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要试剂 |
| 2.3 实验仪器 |
| 2.4 引物的设计 |
| 2.5 实验方法 |
| 2.6 数据处理 |
| 2.6.1 序列编辑(SEQUENCE EDIT) |
| 2.6.2 序列比对(SEQUENCE ALIGNMENT) |
| 2.6.3 MEGA2.0软件的应用 |
| 三、结果与分析 |
| 3.1 宗地花猪、关岭猪、江口萝卜猪屠宰测定结果 |
| 3.2 线粒体DNAD-LOOP序列的扩增 |
| 3.3.测序结果 |
| 3.4 D-LOOP的遗传多样性 |
| 3.4.1 碱基组成比较 |
| 3.4.2 品种间变异位点分析 |
| 3.4.3 品种间不同单倍型控制区遗传距离 |
| 3.4.4 品种间MTDNA遗传多样性统计参数 |
| 3.4.5、系统发育分析 |
| 四、讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 本研究由以下课题资助 |
| 附图 |
| 附录一:作者在读期间科研成果情况 |
（8）中国矮马遗传资源保护与利用研究（论文提纲范文）
| 1 起源进化 |
| 1.1 马属动物起源 |
| 1.2 矮马与西南马 |
| 2 资源特征 |
| 2.1 历史背景 |
| 2.2 资源特点 |
| 2.3 品种分布 |
| 2.4 品种数量 |
| 2.5 体尺指标 |
| 3 研究进展 |
| 3.1 研究目的 |
| 3.2 研究进展 |
| 3.2.1 表型遗传学 |
| 3.2.2 细胞遗传学 |
| 3.2.3 生化遗传学方面 |
| 3.2.4 分子遗传学方面 |
| 3.2.5 动物转基因方面 |
| 3.2.6 在矮小机理方面 |
| 4 发展展望 |
（9）中国部分绵羊群体的起源、遗传多样性及保护研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究目的和意义 |
| 1.2 研究路线 |
| 1.3 文献综述 |
| 1.3.1 畜禽遗传起源进化及其常用的分子标记 |
| 1.3.2 我国家养绵羊资源现状 |
| 1.3.3 畜禽遗传多样性保护研究 |
| 第二章 绵羊线粒体 DNA 分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.3 统计与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 PCR-SSCP 的多态结果分析 |
| 2.2.2 控制区(D-Loop)全序列分析 |
| 2.2.3 细胞色素b基因(Cytb)全序列分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 遗传变异分析 |
| 2.3.2 起源进化分析 |
| 2.3.3 “多角”羊分析 |
| 2.3.4 绵羊群体遗传关系 |
| 第三章 绵羊群体微卫星 DNA 遗传多样性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.1.3 统计分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 部分微卫星位点的聚丙烯酰氨凝胶电泳结果 |
| 3.2.2 群体内遗传变异结果分析 |
| 3.2.3 哈代-温伯格平衡检验 |
| 3.2.4 F-统计量检验 |
| 3.2.5 群体间遗传距离分析 |
| 3.2.6 聚类分析 |
| 3.2.7 地理距离隔离分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 影响数据的可靠性因素 |
| 3.3.2 群体遗传变异分析 |
| 3.3.3 系统发育分析 |
| 第四章 绵羊边际多样性分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 期望多样性和边际多样性 |
| 4.2.2 不同保护模型的资金分配方案 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 灭绝概率的评价 |
| 4.3.2 优先保护对象的确定 |
| 4.3.3 保护资金的分配 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 线粒体 DNA 分析结果 |
| 5.2 微卫星标记及边际多样性分析结果 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（10）中国绵羊主要类群进化关系分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 进化研究概述 |
| 1.1.1 进化和进化论 |
| 1.1.2 中性突变随机漂变进化理论 |
| 1.2 线粒体DNA在进化生物学中的应用 |
| 1.2.1 线粒体DNA结构 |
| 1.2.2 利用线粒体DNA揭示家养动物的起源驯化 |
| 1.2.3 线粒体DNA在生物地理学中的应用 |
| 1.2.4 分析种群数量变化和种群间的联系 |
| 1.2.5 进化分析中可能遇到的问题 |
| 1.3 绵羊的起源与驯化 |
| 1.3.1 普通生物学研究 |
| 1.3.2 考古、民俗学研究 |
| 1.3.3 分子生物学研究 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 绵羊类群的分化 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 样品的采集 |
| 2.2.2 测序策略 |
| 2.2.3 试验流程 |
| 2.2.4 仪器设备 |
| 2.2.5 主要试剂 |
| 2.2.6 PCR扩增所用的引物 |
| 2.2.7 实验方法 |
| 2.2.8 序列的校对 |
| 2.2.9 系统树构建 |
| 2.2.10 SNPs对蛋白质结构的影响 |
| 2.2.11 SNPs对RNA结构的影响 |
| 2.2.12 中性检测 |
| 2.2.13 类群分化时间 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 鉴别绵羊线粒体类型 |
| 2.3.2 线粒体DNA提取、扩增及测序 |
| 2.3.3 绵羊类群间DNA序列上的差异 |
| 2.3.4 绵羊类群间氨基酸序列上的差异 |
| 2.3.5 预测SNPs对RNA结构的影响 |
| 2.3.6 正选择作用检测 |
| 2.3.7 类群间分化时间 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 与GenBank上绵羊B型线粒体DNA序列的比较分析 |
| 2.4.2 从线粒体DNA角度探讨绵羊品种引进、保护 |
| 2.4.3 线粒体DNA与绵羊生产性状存在关联吗? |
| 2.4.4 研究前景 |
| 第三章 群体动力学分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 DNA提取 |
| 3.2.2 PCR扩增、克隆、测序 |
| 3.2.3 数据挖掘 |
| 3.2.4 序列预处理 |
| 3.2.5 系统进化分析 |
| 3.2.6 群体扩张分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 系统树构建 |
| 3.3.2 网络分析 |
| 3.3.3 群体动力学分析 |
| 3.4.讨论 |
| 3.4.1 绵羊的物种形成 |
| 3.4.2 绵羊的种群扩张 |
| 3.4.3 研究前景 |
| 第四章 全文结论 |
| 4.1 类群间DNA序列上的差异 |
| 4.2 绵羊mtDNA蛋白质编码区没有受到正选择作用 |
| 4.3 类群分化时间 |
| 4.4 绵羊群体扩张 |
| 4.5 发现野生盘羊入侵绵羊 |
| 4.6 证实绵羊存在D类群 |
| 4.7 获得绵羊A、C类群线粒体DNA全序列,重新校正B类群线粒体DNA 序列 |
| 参考文献: |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间完成的论文 |
四、m tDNA在家畜遗传育种中的应用（论文参考文献）
- [1]藏系绵羊遗传多样性的研究进展[J]. 徐琳娜,李国林. 畜牧兽医杂志, 2012(04)
- [2]贵州四个山羊品种mtDNA Cytb基因多态性研究[D]. 黄勤华. 贵州大学, 2008(S1)
- [3]藏系绵羊KAP基因与部分经济性状的遗传相关性研究[D]. 王志有. 西北农林科技大学, 2008(11)
- [4]大足黑山羊与周边黑山羊品种（群体）mtDNA D-loop序列多态性研究[D]. 张旭刚. 西南大学, 2008(09)
- [5]线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展[J]. 宋洁,张小芳,刁雪淘,金梅. 安徽农学通报, 2008(09)
- [6]十个绵羊品种mtDNA遗传多态性与系统进化研究[D]. 牛华锋. 西北农林科技大学, 2008(11)
- [7]贵州三个地方猪种遗传多样性及亲缘关系研究[D]. 冯文豪. 贵州大学, 2008(02)
- [8]中国矮马遗传资源保护与利用研究[J]. 孙玉江,踏娜,赛娜,曹雁行,芒来. 黑龙江畜牧兽医, 2007(07)
- [9]中国部分绵羊群体的起源、遗传多样性及保护研究[D]. 赵倩君. 中国农业科学院, 2007(05)
- [10]中国绵羊主要类群进化关系分析[D]. 郭军. 中国农业科学院, 2007(06)